Kegiatan utama di pondok pesantren meliputi pembelajaran Al-Qur’an, hadis, fikih, akidah, akhlak, serta kitab-kitab klasik (kitab kuning). Selain pendidikan keagamaan, banyak pesantren yang juga menyelenggarakan pendidikan formal seperti madrasah atau sekolah umum, serta pelatihan keterampilan untuk membekali santri dengan kemampuan hidup di masyarakat. Pondok pesantren berperan penting dalam membentuk pribadi santri yang beriman, bertakwa, berakhlak mulia, mandiri, dan bertanggung jawab. Dengan nilai-nilai kebersamaan, kesederhanaan, dan ketaatan, pesantren menjadi pusat pendidikan sekaligus pusat pembinaan sosial dan keagamaan di tengah masyarakat.